处理进销系统公司商品入库金额与对方开的发票金额不同的情况，一般需要结合公司的财务管理流程来处理。一种常见的处理方案是： 1、首先要将发票金额与入库金额进行核对。如果有出入，要认真核实款项的实际使用情况，以避免入库数据出现误差。 2、其次，根据实际情况，对发票金额大于入库金额的情况，应该及时向供应商索要发票补充证明，以确保财务报表正确可靠。 3、最后，及时将核对完毕的结果记录入公司的财务管理系统，以便后续核算申报时，能及时获得账目记录。 拓展知识：财务管理系统是指综合应用信息系统，其目的是建立企业财务管理的信息基础，不仅包括企业的财务报表数据，而且包括企业的成本核算数据、利润分析数据、库存管理数据、薪资分配数据等等，为企业进行财务管理决策提供决策支持。