是的，在预缴税款时，需要扣除材料费，具体来说就是减去供应商提供材料的发票金额，然后根据2%的预征率计算总包应预缴税款。比如，开出去的发票为金额250万，其中材料：130万，劳务120万，供应商的发票金额为130万，那么总包在计算预缴税款时应该减去130万，即把金额减至120万，根据2%的预征率计算应预缴税款。 拓展知识：根据增值税实施条例，专属进项发票属于增值税税率为13%的税务发票，而一般计税方法中的预征率属于增值税税率为2%的收入发票，必须减去供应商的发票金额，才能有效地计算预缴税款。