新注册的分公司要按照规定进行税收缴纳。总公司的利润表要合并起来，才能在总公司的电子税务局汇总申报企业所得税，分公司每个季度还要向税务机关报送自身的利润表，通过税务机关审核确定税款数额，按规定支付企业所得税。分公司需要定期提交本季度的企业所得税预缴申报表，保证企业的所得税正确缴纳。此外，分公司还要自行完成各项税务登记，包括税务登记证、纳税人识别号等，以及就职人员的个人所得税的申报等。总之，税收的正确合法运作对于分公司的经营及经济发展具有重要意义，分公司应结合实际完善税收管理制度，加强税收管理，并严格按照规定缴纳各项税收。