对于去税务局代开的发票，对方公司已抵扣金额有误，处理这一类事情一般有以下几种措施：首先，发票购买方可以向销售方索取补发票，补发票必须按照购买方要求填写。其次，可以申请开具负数发票，也就是实物发票上的金额是负数，但是作用跟正常普通发票一样，买方可以进行抵扣。最后，如果金额差异较小，可以考虑采取现金补偿的办法，买方向卖方支付差额金额，以求补偿。 此外，税务机关还提供了一些用于发票处理的在线服务，包括发票查验、申领、抵扣等，可以更方便、快捷地处理发票问题。从而有效减少人工劳动，节省时间和资金。