一般来说，如果公司员工实际报销的金额小于发票金额，会计分录上需要做的处理一般是基于费用类型的分摊原则，并形成相应的分摊科目，来实现发票的登记和报销的分摊。比如，公司报销一笔800元的发票，实际发生的报销金额只有600元，则可以在会计分录上作如下处理：应付账款：800元，现金：600元，其余200元可作为费用支出（也可保留在应付账款中），实际分摊到各自的科目，如办公费、旅游费等等（也可以是折算后的各种成本），以平衡费用的整体分配情况。拓展知识：此外，根据相关会计分录的记录原则，当财务凭证上的现金付款金额不能充分说明金额的支出原因时，也需要进行分摊处理，确定部分金额分配到各费用科目，体现出金额的发生情况。