税控系统专用设备和税控收款机在抵扣方面有明显的区别。首先，在实施抵扣时，税控系统专用设备比税控收款机的实施抵扣要简单许多，因为使用税控系统专用设备不需要交税，直接抵扣税款，而税控收款机需要交税后，再抵扣税款。其次，在使用方法上，税控系统专用设备比相对复杂，需要经过税控专用设备的税控用户和发票审核，以及对税控专用设备的操作技能，而税控收款机则简单得多，只需要将税务机关给出的发票、交易单据等资料输入税控收款机，即可完成抵扣。此外，税控系统专用设备比税控收款机的抵扣种类更多，其可以实现对消费税、内销税、综合税等多种抵扣，而税控收款机也只能实现对税费的抵扣。 拓展知识：税控系统专用设备技术体系是当前税收抵扣系统的开发和实施的基础设施，是国家为改进完善税收体制，建立良好的税收管理体制而做出的努力。在财政部的支持下，税控技术体系已经慢慢形成，对现行的税收管理体系也产生了重要的作用。