一般纳税人公司购买合作社农产品抵扣3个税点。根据《企业所得税法》规定，当企业符合一般纳税人税收优惠条件并于年度内购买指定生产或经营农产品，有权将购买物品的价款抵扣税额，抵扣以金额计算，抵扣上限为当年应纳税所得额的3%。指定的农产品主要包括粮食类、棉、油料、茶叶等，一般纳税人购买特定农产品所得税收的抵扣税点一般为3个税点。 拓展知识：除此之外，农村土地经营权、农用特殊机械、农用汽车和拖拉机、抗旱财政补贴以及农民就业保险费等，也可按照规定进行抵扣税费，抵扣税点不同。