一般来说，收到合作社开具的农产品的普票，纳税人公司是可以抵扣增值税的，但是需要满足一定的条件，即确保农产品货物的进入，存在购销合同，是可以抵扣的。特别的，在收到的农产品合作社进口的普票上，不能让允许抵扣增值税。 同时，如果纳税人公司收到的是国内合作社开具的农产品普票，则可以抵扣增值税。关于抵扣增值税，纳税人公司还需要准备符合要求的购销合同，发票，农产品批件及其他相关凭证，以便向税务机关申报抵扣。 此外，纳税人公司在抵扣增值税时，如果发现增值税填写不准确，可申请财政部门补报，以免耽误抵扣。另外，如果增值税开票时，确有不足之处，还要及时与财政部门沟通，申请补开发票，保证抵扣权益。