处理员工补缴保险的款项，应当首先体现在账务分类中。根据财务规定，针对员工补缴保险款项，应当将款项记录到“应付职工薪酬”科目下，并归类到“员工补缴保险款”类目中；然后，需要将款项从公司的账户转入保险公司的账户，以确保保险款项的及时到达；最后，还要将转账凭证和收据及时归档，以备核对。 拓展知识：员工补缴保险的款是指由公司从未缴纳的薪酬，补缴保险款给员工，这笔款项将由公司承担，并实行现金支付。根据财务管理规定，企业应当在补缴保险款项转入社保基金账户时，企业应当做好相应的财务记账处理工作。