处理新公司银行卡期初有余额问题，首先应该确认余额来源，可以通过查看账户的流水及收入记录来确认，搜集相关证据；其次，如果确认余额来源合理，应记录在案，记录相关收入、支出；若是不合理来源，需要采取适当措施，进行处理，包括给予相关责任人追究法律责任等等；最后，确认余额来源后，应对银行卡余额及账户流水做好定期清查，及时发现异常变动，制定具体的检查和登记措施，以及相应的问责制度，以防止这类现象的发生。 拓展知识：财务人员处理新公司银行卡期初有余额问题时，应注意遵守支付、收支、结转等财务规定，做到有收入必录入，有支出必录入，以确保财务数据准确、完整，并付出完整纳税义务。