同学您好，分公司注销了还欠总公司的款一般情况有两种处理方式： 1、分公司不具备独立法人资格，其所有对外的债权债务均应由总公司承担。但一般分公司都是相对独立开展业务，在注销时应由总公司对其进行清算，并接收其资产、债权和未了结的债务。通过清算形成清算报表，确认盈亏，并报当地主管税务机关认可，总公司据此作相应的账务处理； 2、总公司按合并报表的方式，以其净资产（亏损额）与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。