纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担(指医保目录范围内的自付部分)累计超过15000元的部分，纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。可见，并不是所有的医疗费用都能扣除。有扣缴义务人的纳税人，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款;无扣缴义务人的纳税人，自行申报缴纳。次年3月1日至6月30日纳税人在办理年度汇算清缴，多退少补税款。 纳税人发生的医药费用支出可以选择由本人或者其配偶扣除;未成年子女发生的医药费用支出可以选择由其父母一方扣除。 纳税人应当留存医药服务收费及医保报销相关票据原件(或者复印件资料)等资料备查。医疗保障部门应当向患者提供在医疗保障信息系统记录的本人年度医药费用信息查询服务