亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
在该公司转让酒店式公寓计算土地增值税时，之所以将契税计入“与转让房地产有关的税金”，是因为该案例中采用了发票法来确定扣除项目金额。根据发票法的规定，购买方在取得不动产时缴纳的契税可以作为与转让房地产有关的税金予以扣除。通常情况下，契税是计入“取得土地使用权所支付的金额”中的。但在本题中，由于转让方无法取得该酒店式公寓的评估价格，只能按照发票所载金额确定扣除项目金额，因此契税被单独作为“与转让房地产有关的税金”计入扣除范围。总结来说，契税是否计入“与转让房地产有关的税金”，取决于题目中是否采用了发票法。如果采用发票法，契税可以计入；否则，契税应计入“取得土地使用权所支付的金额”。
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