亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：

-B.由当事人协商确定案件的管辖法院：是协议管辖的内容，协议管辖，是指当事人在争议发生之前或发生之后，用书面协议的方式，选择管辖法院。这里考察的是选择管辖的规定。
-C.由有管辖权的法院商确定案件的管辖法院：这种情况不符合《民事诉讼法》的规定，法院之间不会通过商议来确定管辖权。
-D.由共同上一级法院指定其中一个法院受理案件：这种情况通常适用于管辖权争议的情况，而不是在多个法院均有管辖权时的选择问题。

因此，选项B、C、D都不符合《民事诉讼法》的规定，只有A是正确的。
祝您学习愉快！