亲爱的学员，您好！很高兴能为您提供帮助，您的问题答复如下：
1.B公司支付给A劳务派遣公司的100万元中，90万元是实际支付给员工的工资，这90万元应计入B公司的工资薪金支出。A公司收取的10万元手续费是A公司的收入，与B公司的工资薪金支出无关。
2.B公司虽然没有在会计上做“应付职工薪酬”的会计分录，但根据税法规定，B公司需要将实际支付给员工的工资作为工资薪金支出在企业所得税中申报。
3.B公司在企业所得税中申报的工资薪金支出是实际支付给员工的工资，这部分工资已经包含在劳务派遣公司的费用中了。因此，不会重复列支，而是将劳务派遣公司的费用中的工资部分和B公司实际支付的工资进行匹配和调整。
祝您学习愉快！