您好同学： 一般情况下，退股的钱应由总公司直接退。 法人股东与总公司的关系：该自然人作为股东是与总公司共同投资设立分公司，其与总公司之间存在股权关系，并非与分公司存在直接的股权关系。因此，从股权交易的主体来看，总公司作为受让方，直接支付退股款更为合理. 分公司的性质和财务限制：分公司不具有独立的法人资格，其财务和资产均归属于总公司，在法律和经济实质上是总公司的一部分。分公司自身并无独立的财产权来支付退股款，即使分公司账上有资金，其资金的支配权也在总公司，需总公司做出决策和安排才能进行资金调动。 会计处理和税务考量：从会计处理角度，总公司直接支付退股款，在账务处理上能够更清晰地反映股权变动和资金流向，便于准确记录和核算相关的财务信息。同时，在税务方面，总公司直接退股款的方式也更有利于按照相关税法规定准确计算和缴纳税款，避免因资金流转环节过多可能导致的税务风险和核算复杂