跨境电商公司申请出口退税，首先需要在海关注册并获取出口退税资格。具体步骤包括：提交企业资质和相关出口货物信息，进行退税申报，并按规定提交相关单证如出口货物报关单、增值税专用发票等。 在中国，特殊区域如出口加工区、保税区等，货物进入这些区域可以视为出口，企业可以申请退税。这些区域内的货物在出口时享有政策优惠，包括退税等。