个税申报应由B公司进行。 在建筑行业中，当A公司作为总承包方代发B公司员工的工资时，尽管工资是由A公司发放的，但个税的申报责任仍然在于B公司。这是因为B公司作为实际用人单位，对员工的薪酬和税务情况有直接的管理责任。根据《保障农民工工资支付条例》的规定，分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度下，总包方虽然代为发放工资，但并不改变分包方作为扣缴义务人的身份。