小规模纳税人开具外管证后出现开票与异地预缴征收率不一致的情况，可以这样处理： 首先，确认业务的真实性和合规性，确保开票和预缴行为都是符合税法规定的。 如果确定异地预缴征收率应为 3%而出现错误按 1%预缴的情况，可以向预缴地税务机关说明情况，申请更正预缴申报，补缴少预缴的税款及相应滞纳金（如果有）。 同时，也要关注本地税务机关对该情况的处理要求，及时沟通并配合做好相关调整工作，以确保企业纳税申报的准确性和合规性，避免后续可能出现的税务风险。