A 公司可以开专票给 C 公司。 理由如下：A 公司供货给 C 公司，在一般纳税人之间的货物交易中，A 公司有义务向购买方 C 公司开具增值税专用发票，以满足 C 公司进行进项税抵扣等需求。虽然存在 C 打款给 B 公司且 B 和 C 签有代付协议、B 再代 C 付款给 A 公司的情况，但这并不影响 A 与 C 之间的货物交易实质。只要交易真实发生，且 A 公司和 C 公司都是一般纳税人，符合开具专票的条件，A 公司就可以向 C 公司开具专票