申请报关和出口退税的单位不一致可能会对出口退税产生影响，但在符合特定条件的情况下，仍然可以申请退税成功。 根据相关规定，自2017年开始，电子口岸会同时向出口报关单的“境内发货人”和“生产销售单位”传输出口报关单的电子信息。如果“境内发货人”和“生产销售单位”不是同一企业，即属于委托代理出口的情况，那么需要提供境内收发货人和生产销售单位的《委托代理协议》。 也就是说，当境内收发货人是受托方，生产销售单位是委托方时，需要向委托方所在地税务局提供受托方主管税务机关签发的代理出口货物证明，以及代理出口协议复印件。代理出口货物证明是委托方申报办理退税的重要凭证之一，代理出口业务一律在委托方办理有关退税事宜。 如果委托方放弃退税，也可开具增值税销售专用发票给受托方，受托方相当于购进非自产货物出口，拿到对方发票后不可抵扣，需要做进项转出，受托方享受出口免税。 但是，如果在电子口岸中查询到既不属于自己出口也不属于委托别人出口的报关单，那么这种情况就属于报关错误。例如自营出口时，“生产销售单位”报成了工厂，那么就不能申请退税，而是要给工厂（委托方）开具代理出口货物证明由工厂退税。出现这种情况还需要和当地税局沟通，但能否沟通成功存在一定的不确定性。