这种操作是可以的。 虽然前两个季度总部没有合并报表，但从第三个季度开始合并是可行的。不过，需要注意的是，要确保总分公司的企业所得税纳税汇总备案信息准确无误，并且按照相关规定进行后续的纳税申报和汇算清缴。 根据规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业，其企业所得税征收管理适用汇总纳税办法（统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库）。 在进行企业所得税汇总纳税申报时，应注意以下几点： 1.准确计算各分支机构分摊的比例，一般根据上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额等因素计算。 2.按照规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，并分别就地预缴。 3.年度终了后，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。 同时，要关注备案信息的变化，如果总分机构信息发生变化，应及时变更总分机构备案。例如分支机构注销，应及时终止分支机构备案，修改备案有效期终止日期。