你好！合作社开具的免税发票可以抵扣。增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和13%或11%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。 法律依据： 《农业部对十二届全国人大五次会议第7868号建议的答复》第二条 在增值税方面，对农业生产者销售的自产农业产品免征增值税；对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税。在企业所得税方面，对企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，包括农林产品种植业、养殖业、远洋捕捞、农产品初加工等农、林、牧、渔服务业项目的所得免税；对企业从事花卉、茶等饮料、香料作物的种植、海水养殖、内陆养殖等项目的所得，减半征税。在印花税方面，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同免征印花税。