种子公司销售种子是否免征企业所得税，需要根据具体情况而定。 根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十六条及《国家税务总局关于实施农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠问题的公告》（国家税务总局公告2011年第48号）规定，企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税。免征企业所得税的项目包括：蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；农作物新品种的选育；中药材的种植；林木的培育和种植；牲畜、家禽的饲养；林产品的采集；灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目；远洋捕捞。 其中，企业从事农作物新品种选育的免税所得，是指企业对农作物进行品种和育种材料选育形成的成果，以及由这些成果形成的种子（苗）等繁殖材料的生产、初加工、销售一体化取得的所得。 另外，如果种子公司是直接购买种子进行销售的贸易活动，不能享受减免企业所得税的优惠政策。只有符合上述规定的特定情况，种子公司销售种子才可免征企业所得税。 同时，种子公司销售种子通常是免征增值税的。具体政策依据为《财政部 国家税务总局关于农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税〔2001〕113号）第一条：批发、零售的种子、种苗、农药、农机，免征增值税。