在总公司与分公司位于同一地方，且总公司负责进行企业所得税汇缴清算的情况下，如果汇缴清算结果显示总公司与分公司各自承担一半的税费，即总共产生税额2000元，总公司已经扣款1000元，而分公司不能直接进行汇缴清算，那么剩余的1000元税费可以通过以下方式处理： 1.内部转账：总公司可以通过内部转账的方式，将分公司应承担的1000元税费支付给税务部门。这需要总公司与分公司之间进行协调，确保分公司将这1000元转账给总公司。 2.分公司预提税费：分公司在其财务报表中预提这1000元税费，作为对总公司的应付款项。然后，在适当的时机，分公司将这笔款项支付给总公司，由总公司统一缴纳给税务部门。 3.税务部门协调：如果分公司确实无法直接进行汇缴清算，也可以与税务部门进行沟通，说明情况并请求协助。税务部门可能会根据实际情况，提供相应的解决方案或指导。 请注意，具体的处理方式可能因地区、税法规定以及公司实际情况而有所不同。因此，在处理此类问题时，建议咨询专业的税务顾问或会计师，以确保合规性和准确性。