根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定，总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。然而，在特殊情况下，如果经过国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关的批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。 对于企业所得税，根据《企业所得税法》第五十条第二款和《企业所得税法实施条例》第一百二十五条的规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。这意味着，在总分机构的情况下，企业所得税是需要汇总计算并缴纳的。 在汇算清缴时，总公司和分公司都需要进行汇算清缴。一般来说，总公司会先汇总所有分支机构的数据进行统一汇算清缴，并在总部进行申报。然后，总公司会将需要补交的税款或需要退还的税款在总分机构之间进行分配。具体的分配比例和方法可能会根据税收政策和相关法规的具体规定而有所不同。 在税款缴纳方面，由于总公司已经进行了统一的汇算清缴和税款分配，因此分公司按照其分摊的税款在当地完成缴纳即可，不会出现税款重复缴纳的情况