当遇到进项发票和报关单的商品编码不一致导致退税有疑点时，您可以采取以下措施来处理这个问题： 1. **核实商品编码**：确认进项发票和报关单上的商品编码是否确实存在差异，并核实正确的商品编码。 2. **修改报关单**：如果确认是报关单上的商品编码错误，可以联系报关行提交未退税声明，申请修改报关单上的商品编码。这通常需要一定的工作日来完成修改流程。 3. **修改进项发票**：如果是进项发票的商品编码错误，需要联系供应商作废原发票，并按照正确的商品编码重新开具进项发票。 4. **提供证明材料**：在一些特殊情况下，如化学商品的报关品名与实际商品名称不一致，可以提供相应的证明材料来佐证两者为同一种商品。 5. **重新申报**：如果商品码录入错误，可以修改后重新进行申报。 6. **与税务机关沟通**：在处理过程中，保持与当地税务机关的沟通，了解具体的退税政策和操作流程，确保按照正确的程序进行。