对于已勾选退税但因发票单位开具有问题未退税成功的出口企业，可以按照以下步骤处理： 1. **进行进货凭证信息回退申请**：您需要在出口退税平台上进行进货凭证信息回退申请。具体操作是在线申报新建，输入发票代码和发票号码，保存并增加，然后提交数据申报。申报结果查询状态会变成“审核完成”。 2. **核实发票状态**：在增值税发票综合服务平台（即退税勾选的地方）查询发票，确认这些发票是否恢复正常状态。 3. **退还发票给销售方**：将抵扣联和发票联退还给销售方，让销售方开具红字信息表和红字发票来纠正错误。 4. **重新进行勾选确认**：如果发票未进行用途确认，可以直接取消“出口退税勾选”，然后重新选择“抵扣勾选”。如果发票已经进行了用途确认，那么需要通过电子税务局的出口退税管理模块进行明细数据采集，提交相关申报数据。 5. **注意退税勾选规则**：请注意，对于一张增值税专用发票，退税勾选和抵扣勾选只能二选一。当期已勾选为退税的发票需要通过“退税确认勾选”功能进行确认，未进行退税勾选确认的发票不能用于出口退税。 6. **及时沟通税务部门**：如果在操作过程中遇到问题或不确定的情况，建议及时与当地税务部门联系，以获得具体的指导和帮助。 请按照上述步骤操作，并确保所有操作符合税务规定和要求，以免影响后续的退税流程。同时，保持与税务部门的良好沟通，以便在遇到问题时能够及时解决。