如果公司员工旷工扣工资的金额大于了应发工资，多余的部分应该按照公司的规章制度进行处理。通常情况下，公司规章制度会规定旷工扣工资的具体标准和扣款上限，如果员工旷工导致扣款超过了这个标准或上限，公司可以采取其他措施来处理多余的扣款。 一种可能的处理方式是将多余的扣款作为员工欠款处理，计入员工的个人欠账记录中，在未来的工资发放中进行扣除，直到欠款还清为止。另一种可能的处理方式是将多余的扣款作为公司内部的罚款处理，用于奖励那些表现优秀的员工或者作为公司的其他用途。