在债务重组中，债权人受让非金融资产初始确认时，抵扣增值税进项税的原因是为了避免重复征税。根据相关税法规定，债权人受让非金融资产时，应当按照取得该资产的成本（即放弃债权的公允价值与相关税费之和）作为资产的计税基础。同时，债权人在计算资产转让所得时，可以抵扣受让资产过程中所支付的增值税进项税额。这样做的目的是为了避免对同一资产的价值进行重复征税，从而合理地减轻了纳税人的税收负担。