合同条款中规定甲方负责脱硫系统产生的副产物石膏的运输及最终处理。如果乙方认为这一条款导致他们需要开具13点的发票，可能是因为乙方在提供运维承包服务时，除了提供技术服务外，还涉及到废弃物的运输和最终处理服务，而这些服务可能被归类为“货物销售”或“废弃物处理”等服务，适用于13点的税率。 然而，根据合同条款，废弃物的所有权属于甲方，乙方只是负责运输和最终处理。因此，如果乙方认为合同条款导致他们需要开具13点的发票，可能需要进一步与甲方协商合同条款，以确保合同内容与税法规定相符。