一般来说，如果已经开了发票并确认了收入，那么这笔款项在法律上就应该被视为已收到的工程款。将其中的一部分以退工程款的名义退回给甲方可能会导致一些法律和税务问题。 1.法律合规风险：需要仔细审查合同和相关法律法规，以确保这样的操作是合法的。如果违反了相关法律规定，可能会面临法律制裁和处罚。 2.税务风险：这样的操作可能会引起税务部门的关注，如果被认为是有意逃避税款，可能会导致税务处罚和补缴税款。