通常情况下，研发费用加计扣除是在年度汇算清缴时按照实际发生的研发费用进行计算扣除的。在第四季度申报所得税时，通常会填报预缴申报表和年度汇算清缴申报表，其中预缴申报表是按照季度数据来填写，而年度汇算清缴申报表则是根据全年数据来填写。 在填报研发费用加计扣除时，需要提供研发项目的立项文件、研发费用明细表等相关资料，并在年度汇算清缴申报表中按照规定的比例加计扣除。 因此，第四季度申报所得税时的研发费用加计扣除是按照实际发生的研发费用进行计算扣除的，而不是按照第三季度的申报数据来计算。如果发现系统数据有误，可以及时联系税务部门或相关技术部门进行修改或调整。