我公司水果行业，在2022年6月，收到农产品免税发票，已经抵扣认证。然后在2023年12月份，进行盘账，发现2022年的农产品免税普通发票已经作废了，我公司已经把作废的发票进行抵扣了。请问怎么办？主要是开票公司开具的发票总金额和打款金额都有一致的。我们把作废的发票也已经抵扣了，税务系统没有识别出来发票已经作废。