当您为员工扣除社保费用时，您应该按照实际收到的金额进行成本核算。因此，在这种情况下，您应该按照实际收到的600元进行成本核算，而不是按照扣除的1000元进行核算。 如果您按照扣除的1000元进行成本核算，那么您可能会高估了您的成本，这可能会导致您的利润计算不准确。此外，如果您没有及时将未收到的社保费用记录下来，那么您可能会面临财务风险，例如可能会导致您的账目不平衡。