如果客户在项目验收时扣除了5万元的费用，那么您可以在开具剩余35%发票时将该费用从发票金额中扣除。具体操作如下： 1.确定客户已支付的金额：首先，您需要确定客户已经支付的金额，以便了解尚未收取的发票金额。 2.计算扣除费用后的发票金额：将总金额的35%减去5万元，得到扣除费用后的发票金额。 3.开具发票：在开具剩余35%的发票时，将扣除费用后的发票金额填写在发票上，并在备注栏注明已扣除的费用。 例如，如果总金额为1000万元，客户已支付65%的金额，即650万元，那么扣除5万元费用后，您应该在剩余的35%发票上填写金额为300万元（1000万元×35%-5万元）。