根据您提供的信息，如果别人购买的车挂在了贵公司名下，而贵公司已经支付了车辆购置税，但开具的发票中包含了增值税，那么贵公司需要与车主协商并支付相应的差价以获得增值税发票。 车辆购置税和增值税是两个不同的概念。车辆购置税是一种针对特定车辆的税费，如购买新车、二手车等需要支付的税费。而增值税是一种针对商品或服务的流转税，通常由卖方或提供服务的一方收取。 因此，如果贵公司已经支付了车辆购置税，但开具的发票中包含了增值税，这意味着车主需要支付额外的费用来获得增值税发票。贵公司可以与车主协商并支付相应的差价，以确保车主获得完整的增值税发票。