公司的个税系统只有两名员工，且不是法人也不是股东，只是普通的员工。每次报销时，公司将款项报销给法人和股东，但在个税系统中并未将他们列为员工。 这种情况可能存在一定的税务风险。因为在实际操作中，报销款被视为工资或劳务报酬，需要按照相关税法规定扣缴个人所得税。而如果法人和股东没有在个税系统中作为员工申报，就可能导致税务申报不完整或不准确，进而引发税务稽查和处罚。 你可以按下面的方法来 确保在个税系统中完整准确地申报所有员工信息，包括法人和股东。如果他们实际上参与了公司的生产经营活动，应将他们列为公司的员工并进行个税申报。 建立完善的报销制度和流程，确保报销款项的支付与员工实际参与的工作相匹配。如果法人和股东参与了公司的生产经营活动并产生了费用，应按照正常流程进行报销。 定期进行税务自查和审计，确保公司的税务申报合法、合规。如果发现存在税务问题，应积极与税务部门沟通并采取相应的补救措施。