在这种情况下，可以记入“专项应付款”科目。这是因为专项债券资金通常会记入财政部门的资金筹集科目，具体来说是“应付国债-专项债”科目，这是一种负债科目。当公司收到专项债券资金时，需要在财政部门的资金筹集科目中记入应付国债-专项债科目，同时在资产方面记入专项资金等科目。 如果公司为项目支付的资金是由其他单位使用并负责还本付息，那么公司实际上是将专项债券资金转借给了其他单位使用。因此，公司可以将支付的资金记入“专项应付款”科目，以反映公司与其他单位之间的债务关系。