A注册会计师对甲公司店面租金费用实施实质性分析程序，可接受差异额为400万元。在调查后，发现账面金额比期望值少1400万元，其中1200万元的差异已经进行了调查并得到了满意的结果。因为剩余差异小于可接受差异额，所以A注册会计师认可了管理层记录的租金费用。 在这种情况下，A注册会计师已经实施了适当的审计程序，并且对租金费用的账面记录进行了满意的解释。因此，如果没有其他因素影响对租金费用的审计结论，那么A注册会计师可以得出审计结论，认为甲公司的租金费用记录是合理和可靠的。 然而，如果存在其他因素可能影响审计结论的可靠性，例如未调查到的其他重大差异、管理层对审计程序的误解或故意误报等，那么A注册会计师可能需要进一步采取措施，以确保审计结论的可靠性。例如，A注册会计师可以实施其他审计程序，如询问管理层、检查相关文件或与第三方进行沟通等，以确定是否存在其他重大差异或误报。