如果该自然人独资的小规模纳税人在9月刚注册，并且还没有开始经营，那么可以在自然人扣缴客户端进行零申报。 一般来说，新注册的企业在开业初期，由于没有实际发生应税行为，可以在税务机关申请办理零申报手续。具体来说，如果该企业在开业3个月内没有实际发生应税事项，可以在自然人扣缴客户端进行零申报。 对于小规模纳税人，如果属于季节性加工企业或其他类似的情况，在淡季没有实际经营业务时，也可以在自然人扣缴客户端进行零申报。 总之，对于新注册的企业或个体工商户，如果没有实际经营业务，可以在税务机关或自然人扣缴客户端进行零申报。但是需要注意的是，如果企业已经开始经营并发生了应税行为，就必须按照规定及时申报纳税。