甲公司与乙公司之间的借款以及甲公司大股东与乙公司股东之间的债务，可以通过双方协商一致的方式进行抵销。 合规的处理方式如下： 1.甲公司与乙公司进行协商，就借款和债务情况进行确认，并达成抵销协议。 2.在抵销协议中，双方应当明确借款和债务的金额、期限、利率等详细信息，并明确双方的权利和义务。 3.甲公司应当将其大股东所欠乙公司股东的债务从乙公司的债务中扣除，同时将扣除后的债务金额支付给乙公司。 4.甲公司和乙公司应当在抵销协议中约定违约责任和争议解决方式，以确保双方的权益得到保障。 5.甲公司和乙公司应当将抵销协议提交给相关法律机构进行审查和备案，以确保协议的合法性和合规性。 6.如果抵销协议涉及到税务问题，双方应当咨询当地税务机关的意见，以确保协议符合相关税收法规的规定。