你好，对方公司开给你公司的发票已经作废，那么你的公司可以在账务处理中将该发票列入作废发票，不作为实际的应付账款或者资产。同时，需要向对方公司确认该发票已经作废，以避免后续出现纠纷或误解。具体来说，你可以按照以下步骤进行记录和处理：1.在你公司的账务系统中，将该作废发票列入“作废发票”或“无效发票”类别，不计入应付账款或资产。2.在与对方公司的沟通中，确认该发票已经作废，并保存好相关沟通记录作为备份。3.如果对方公司重新开具了新的发票，按照正常的账务流程进行处理。