根据合同申请外经证，但最终工程结算金额少于合同金额，并不会直接导致问题。外经证的目的是确认企业的身份，加强所在地与经营地税务机关之间的沟通，加强对税收的管理。外经证上的金额是按照合同金额开具的，通常按照合同的结算剩余金额开具。 然而，实际结算金额和外经证登记的金额不一致可能会影响实际结算和开具发票等工作。如果实际结算金额小于外经证上的金额，可能会导致多付税款。在这种情况下，可以及时向税务机关报告并询问可行的解决方案。所以，对于金额不一致的情况，不**于担心，但应采取适当的措施解决。根据合同申请外经证，但最后工程结算金额没有合同金额那么多，一般情况下是没有什么问题的。 外经证上的金额不是付款的依据，实际结算金额和外经证登记的金额不一致，并不会影响实际结算和开具发票等工作。只要按照合同金额严格申请外经证，如果出现金额不一致的情况，可以及时向税务机关报告并询问可行的解决方案