企业投资新公司99%，新公司的投资方经济性质可以根据投资方的实际经济性质来进行填写，具体如下： 1.如果投资方是台港澳商企业，那就填写台港澳商企业。 2.如果投资方是外资企业，那就填写外资企业。 3.如果投资方是内资企业，那就填写内资企业。 总之，投资方的经济性质是根据投资方的实际经济性质来填写，需要具体情况具体分析。