一般来说，企业收到基金会（民非组织）资助进行农业研究的款项后，应该开具发票作为入账凭证。 具体来说，如果企业是接受捐赠的受赠方，根据《中华人民共和国公益事业捐赠法》的规定，受赠方应当在接受捐赠后，向捐赠方出具合法、有效的收据或者发票，并加盖财务印章和法定代表人印章。如果企业是提供服务的提供方，根据《中华人民共和国合同法》的规定，提供方应当向受服务方提供发票或者收据等合法有效的凭证，作为受服务方入账的依据。 因此，如果企业是提供服务的提供方，应当向基金会（民非组织）提供发票或者收据等合法有效的凭证；如果企业是接受捐赠的受赠方，应当向基金会（民非组织）出具合法、有效的收据或者发票，并加盖财务印章和法定代表人印章。同时，企业应当按照《中华人民共和国会计法》等法律法规的规定，建立规范的会计账簿和财务报表，确保资金使用的合法性和规范性。