D[解析]纳税人购进农产品,从依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额;纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物的,按照10%的扣除率计算进项税额。本题该小规模纳税人适用的是1%征收率,故不适用上述计算抵扣进项税额的政策,但可以凭票面税额1000元抵扣进项税额。