增值税发票勾选认证流程如下： 1、打开增值税发票综合服务平台； 2、插入税控器具—输入税控器具密码—点击登录； 3、进入界面—选择认证税款所属期—点击进入； 4、点击抵扣勾选，选择发票抵扣勾选； 5、点击查询—勾选需要认证的发票—点击提交； 6、在弹出的对话框中点击确定； 7、点击抵扣勾选统计； 8、点击申请统计； 9、确定申请生成统计报表； 10、确认发票勾选清单无误后—点击确认； 11、在跳出的发票确认汇总对话框中再次选择确认。