我公司是一建材商贸公司，与A公司签了50万的材料采购合同，A公司给我公司开了50万的发票，我公司已根据发票做了入库。我公司按这批材料又与B公司签订了55万的销售合同，并给B公司开具了55万的发票，现A公司实际只给我们提供了48万的材料且只提供了48万的送货明细，但发票已开具50万，且因特殊情况发票已不能冲红退回，A公司也不同意过账，请问老师，现在我公司要将这2万多开票部分怎么处理才不会引起税务麻烦？