当发票上没有填写对方公司的电话时，会影响对方公司的进项税抵扣。根据国家规定，开具增值税专用发票时，必须在发票上注明收票人的名称，地址、电话等信息，否则，该发票将被认定为无效发票，对方公司就没有办法抵扣相关税收。 例如，A公司需要向B公司购买一批原材料，A公司开具增值税专用发票，但是在发票上忘记填写B公司的电话，这种情况下，B公司将无法抵扣相关税收，A公司需要重新开具一张新发票，并填写完整的收票人信息，才能让B公司正常抵扣税收。